Non si conoscono esattamente le origini storiche della citta di Malindi. I ritrovamenti archeologici testimoniano la presenza nella zona, fin dal IX secolo, A partire dal XIV secolo Malindi ha goduto di un periodo di forte sviluppo, legato anche al fiorire della tratta degli schiavi. Una delle piste carovaniere che attraversavano il Kenya arrivava proprio a Malindi, dopo essere passata sull'altopiano di Yattae da Silaloni. La piazza che ora si trova accanto alla vecchia moschea era il mercato degli schiavi, e ha svolto questo ruolo sino agli inizi del XX secolo., La maggioranza della citta vive sull'agricolture e sul turismo specialmente quello italiano. Il 90% delle spiagge sono aree protette ed appartengono al parco marino anche per via delle tartaruge marine che depositano le uova.
Malindi e Watamo sono anche molto famose per la pesca d'altura, negli anni trenta Ernest Hemingway vi soggiornò diverse volte per praticare questo sport.
Collegamenti :
Malindi ha un aereoporto nazionale con collegamenti da Nairobi e Lamu giornalieri, è collegata via strada a Mombasa (circa 100 km) dove ha un aereoporto internazionale con aerei carter da quasi tutta l'europa.